大气科学学院： 大气科学系、 海洋科学系 、大气科学南京信息工程大学系（气候资源方向）

大气物理学院： 大气物理学系，人工影响天气，大气探测系，雷电科学与技术系

应用气象学院： 应用气象学系、 农业资源与环境系

遥感学院： 遥感科学与技术系、 测绘工程系、 地理信息系统系、 资源环境与城乡规划管理系、

信息与控制学院： 仪器科学与技术系、 自动化系、 电气工程系、 信息系统工程系

电子与信息工程学院： 电子信息工程系 、通信工程系、 信息工程系、 电子科学与技术系

环境科学与工程学院： 环境科学系、 环境工程系、 化学系、 生态学系 计算机与软件学院： 计算机科学与技术系、 网络技术与工程系、 软件技术与工程系、（电气信息类）计算机应用系

数理学院： 大学数学部、 数学系、 信息与计算科学系、 统计学系、 大学物理部、 物理学系、 应用物理系、 材料物理系

公共管理学院： 行政管理系、 公共事业管理系、 法律系、 思想政治理论课教育中心、 思想政治教育教研室

经济管理学院： 信息管理与信息系统系、 会计系（会计方向 财务管理方向）、 国际经济与贸易系、 市场营销系、人力资源管理系 、物流管理系、 金融工程系

语言文化学院： 大学英语部、 英语语言文学系、 日语语言文学系、 中国语言文学系、对外汉语(汉日双语方向）

传媒与艺术学院： 动画系