在新加坡加入马来西亚以后，华人占到了马来西亚人口总数的42%，几乎与马来人不相上下。当时马拉西亚的执政党是“巫统”为首的国阵执政联盟，信奉“马来至上”主义。1965年，在没有新加坡参与的情况下，被国阵执政联盟控制的马来西亚国会直接将新加坡开除出马来西亚。无奈之下，新加坡只能宣布独立建国。

不过在新加坡加入马来西亚之后，新加坡与马来西亚中央政府的关系并不融洽。李光耀这个人是主张种族平等的，他的理想是将马来西亚建设成一个现代化的公民国家。但是马拉西亚中央政府却一直是由马来人把持着，新加坡华人经常抱怨受到马来西亚政府的打压。

对此李光耀多次与中央政府进行交涉，希望吉隆坡能改变“马来人至上”的政策，给予华人以平等权力。但马来西亚政府不仅无视了李光耀的请求，还试图在新加坡夺权，只是没有获得成功。

而且当时李光耀领导的人民行动党也非常强势，华人也非常抱团，过不了多久就会变成华人统治马来西亚，甚至李光耀成为马来西亚的总理都不奇怪。 当时的马来族肯定不愿意看到这样的事情发生，当然会把华人占主体的新加坡赶走，从而确立马来族的统治地位。