突发公共卫生事件应急指挥中心是公共卫生应急指挥体系的核心，是以国家—省级—地市三级构成的卫生应急体系的骨干节点，承担着地方人口卫生应急指挥的重任。

在处置卫生应急指挥事件时，应急指挥中心需要为参与指挥的领导与专家准备指挥场所，提供多种方式的通讯与信息服务，监测并分析预测事件进展，为决策提供依据和支持。

同时，按照国家规划，拟在“十二五”期间将应急指挥系统节点拓展至县级卫生系统，建立必要的移动应急指挥平台，以实现对各级各类突发公共事件卫生应急管理的统一协调指挥，实现卫生应急数据及时准确、信息资源共享、指挥决策高效。